مجموعه نسخ خطی کتابخانه
بخشی از منابع ارزشمند کتابخانه آیت الله العظمی بروجردی را مجموعه نفیس نسخ خطی تشکیل می‌دهد. این مجموعه طبق آخرین آمار بخش ساماندهی بالغ بر 7300 عنوان نسخه خطی را شامل می‌شود که اطلاعات آنها چاپ و منتشر شده است.
وجود نسخه‌هایی به «خط مؤلف» مانند: «خط ملاصدرا، محمدتقی مجلسی، علامه مجلسی، عباسقلی سپهر، سیدصدرالدین صدرعاملی و ...» از دیگر شاخصه‌های این مجموعه به‌شمار می‌رود و نمونه خط علما و دانشمندانی مانند میردامادو شیخ بهائی در این مجموعه وجود دارد. نسخه‌های به خط آیت‌الله العظمی بروجردی(ره) یا همراه با تعلیقه و حواشی از ایشان، دفاتر وجوهات و خرج و دخل روزانه آن بزگوار، نسخه‌های اهدا شده به ایشان نیز در این مجموعه نگهداری می‌شود.
وجود نسخه‌هایی با خطوط زیبا، تذهیب، سرلوح، و نقش و نگار از ویژگی‌های دیگر این مجموعه است.
همچنین نسخه‌های نوشته شده قبل از قرن دهم مانند: معارج الفهم فی شرح النظم علامه حلی (726)؛ شرح گلستان سعدی(931)؛ خمسه نظامی (906)؛ مفتاح العلوم (754)؛ اخلاق ناصری (894) و ... نیز بر ارزشمندی این مجموعه افزوده است.