مجموعه نسخ خطی کتابخانه

بخشی از منابع ارزشمند کتابخانه آیت ‌الله العظمی بروجردی را مجموعه نفیس «نسخ خطی» تشکیل می‌دهد. طبق آخرین آمار بخش سازماندهی بالغ بر 7900 عنوان «نسخ خطی» در پایگاه کتابخانه ثبت شده و «متن کامل» آنها در دسترس کاربران قرار دارد. این مجموعه از سه بخش تشکیل شده است: «نسخ خطی» کتابخانه مسجد اعظم قم، نسخ خطی کتابخانه موسسه آیت‌الله العظمی بروجردی، و نسخ خطی کتابخانه آیت‌الله بروجردی در نجف. 

وجود نسخه‌هایی به «خط مؤلف» مانند: خط «ملاصدرا، محمدتقی مجلسی، علامه مجلسی، عباسقلی سپهر، سیدصدرالدین صدرعاملی و ...» از شاخصه‌های این مجموعه به‌شمار می‌رود، همچنین نمونه خط علما و دانشمندانی مانند «میرداماد و شیخ بهائی» نیز در این مجموعه وجود دارد.

 نسخه‌هایی به خط آیت‌الله العظمی بروجردی یا همراه با تعلیقه و حواشی از ایشان، دفاتر وجوهات و خرج و دخل روزانه آن بزگوار، نسخه‌های اهدا شده به ایشان نیز در این مجموعه نگهداری می‌شود.
وجود نسخه‌هایی با خطوط زیبا، تذهیب، سرلوح، و نقش و نگار از دیگر شاخصه‌های این مجموعه است. 
همچنین نسخه‌های نوشته شده قبل از قرن دهم مانند: «معارج الفهم فی شرح النظم علامه حلی (726)؛ شرح گلستان سعدی(931)؛ خمسه نظامی (906)؛ مفتاح العلوم (754)؛ اخلاق ناصری (894) و ...» نیز بر ارزشمندی این مجموعه افزوده است.